中药中农药来源主要有三方面：
中药材在种植过程中滥用农药而造成的直接污染：中药材的种植者缺乏基本的植保常识，对农药的选择是高效、 低成本，甚至使用一些禁用农药。为保产增收，种植者施药次数频繁，且经常是几种高毒农药混配使用。 特别是在虫害严重时期，使用农药的浓度加倍，造成了中药材中农药残留超标。
土壤、空气、灌溉水中残留的农药对中药材的间接污染：在中药材种植和生产过程中，中药材被动地从受到农药污染的环境，如土壤、 水源、 大气中吸收与积累农药。
中药材在采收、 加工、 贮存、 运输过程中造成的污染：农药施用时机和季节不合理，如一些中药材产区，在施用农药后不久就开始采收。在中药的生产过程中，环节多，污染的可能性大，如药材炮制过程中辅料、 晾晒场所的污染等。另外在中药的包装及运输中，如用包装农药、化肥的材料来包装药材，运输农药化肥的车辆未加清洁就运输药材等都会造成污染。
中药中农药残留分布特点：
中药中有机氯农药较其它类型的农药污染程度高，次序为：有机氯类 > 菊酯类 > 有机磷、氨基甲酸酯类。有机磷和氨基甲酸酯类农药检出率较低，只有人工种植历史久，虫害严重的药材如拘祀偶有检出；
种植药材中农药残留量稍高，而野生药材中仅有痕量捡出；
同一地区的同种药材、同一药材的不同部位农药残留量也有较大的差异；根类、根茎类药材一般较其它类药材更容易被农药污染；
中成药和提取物中残留农药相对较少，残留量也相对低。
中药中农药残留的检控：
深芬仪器农药残留检测仪能准确、快速检测出蔬菜、水果、粮食、茶叶以及土壤中有机磷和氨基甲酸脂类农药残留的快速检测。可广泛应用于各级蔬菜检测中心、农贸市场、超市、环保机构、蔬菜种植基地、饭店、车载及实验室等食品安全检测与监控场所等单位对果蔬中农药残留的检测。